A pesar de que el Congreso ha hundido en dos ocasiones la reforma a la salud, el Gobierno Nacional ha implementado cambios estructurales mediante decretos, resoluciones e intervenciones administrativas.

Aunque el Congreso de la República ha hundido en dos oportunidades la reforma a la salud impulsada por el Gobierno de Gustavo Petro, la administración ha continuado implementando cambios estructurales en el sistema sin el aval legislativo. Para ello, el Ministerio de Salud y la Superintendencia Nacional de Salud han recurrido a decretos, resoluciones y a las amplias facultades administrativas de intervención, configurando en la práctica un rediseño del modelo de atención en salud.

Uno de los ejes centrales ha sido el despliegue de los Equipos Básicos de Salud (EBS) en distintos territorios del país. Según la Dirección de Promoción y Prevención, desde 2022 se han puesto en operación más de 11.000 equipos con una inversión reportada de $4,2 billones. No obstante, en las herramientas digitales del propio Ministerio aparece una cifra que duplica ese monto, alcanzando los $8,4 billones. De los recursos asignados, se ha ejecutado $1,4 billones (16,9 %) y se han pagado $1,3 billones (15,9 %), mientras que las Empresas Sociales del Estado han reintegrado $72.882 millones por falta de ejecución y han comprometido $2,1 billones en contratos y actos administrativos. A pesar de estos montos, no existen informes públicos consolidados que permitan evaluar los resultados en salud pública de esta estrategia, y los tableros oficiales que permitían verificar su implementación territorial se encuentran desactivados.

De forma paralela, la Superintendencia de Salud ha intervenido forzosamente siete EPS en los últimos tres años: Nueva EPS, Coosalud, Famisanar, Servicio Occidental de Salud, Savia Salud, Asmet Salud y Capresoca. Estas entidades concentran 22,8 millones de afiliados, equivalentes al 43,5 % de la población del país. A ellas se suma Emssanar, intervenida desde junio de 2022, cuya medida ha sido prorrogada en tres ocasiones. La Contraloría General de la República advirtió que las quejas de los usuarios aumentaron de 1.308.706 en 2023 a 1.614.622 en 2024, un crecimiento del 13 %, siendo Nueva EPS la entidad con mayor número de reclamos, con 323.682 quejas.

El tercer instrumento utilizado por el Ejecutivo fue el Decreto 0858 de 2025, con el que se intentó instaurar un modelo de salud con enfoque preventivo, predictivo y resolutivo como política pública nacional, incorporando figuras como los Centros de Atención Primaria en Salud, las Redes Integradas Integrales Territoriales de Salud y la Atención Primaria en Salud, todas ellas contempladas en la reforma archivada. Sin embargo, en octubre de 2025, el Consejo de Estado suspendió provisionalmente el decreto al considerar que excedía la función reglamentaria del Ejecutivo y vulneraba el principio de reserva de ley, al reemplazar decisiones que corresponden al Congreso en el marco del debate democrático.